Контролният съвет (КС) на Асоциацията се избира за срок от три години, в състав от председател и двама членове.

• Следи изпълнението на решенията на Общото събрание и Управителния съвет;

• Проверява финансовата дейност на Асоциацията и правилното стопанисване на имуществото и дава отчет за финансовото и състояние пред Общото събрание.

Членовете на КС на Асоциацията на млекопреработвателите в България са избрани от Общо отчетно събрание на 15 април 2008 г. и са в следния състав:

- Председател- Чл.кор.проф. Мария Балтаджиева "ЕлБиЛакт" ООД
- Иван Марков - “Мандра Обнова” ООД
- Георги Златанов -  “Млечни продукти” ООД